親御さんから、複数ご質問いただいている内容であり、こちらで考え方をお伝えします。
まだ、中央区教育委員会の見解を確認できていませんが、取り急ぎ、回答します。
ご質問：臨時休校中に、分散登校日に、新型コロナウイルス感染予防のため学校を休むと指導要録の「欠席」になるか。
小坂が国及び東京都の指針をみて考える回答：
臨時休業は、授業日数にカウントしないため、出席・欠席の考え方が生じない。すなわち、欠席ではない。
あるいは、授業日数としてカウントするとしても、「欠席日数」とはせず、「出席停止・忌引等の日数」として記録する。すなわち、欠席ではなく、欠席しても皆勤の対象からはずれない。
2020.4.5現在の回答です。
参照：
国：https://www.mext.go.jp/content/20200403-mxt_kouhou01-000004520_1.pdf
都：https://www.bousai.metro.tokyo.lg.jp/_res/projects/default_project/_page_/001/007/524/2020032603.pdf
